聊聊XE，和真正的流感化
來聊聊XE
世衛組織於4月5日發布的每週新冠流行病學報告，表示正在追踪 XE 重組體，但是目前仍視作為 Omicron 變異株的分支。初步估計，XE 比 BA.2 具有 1.1 的社區增長率優勢，也就是多出10% 的傳播速度。這意味著 XE 比其他亞種更具傳染性。
（與 BA.1 或原始 Omicron 相比，BA.2 的傳播率提高了 40%）
（不過在某些外國媒體似乎誤報成 “ XE 比 BA.2 傳播速度快上10倍 ”，不知道是不是當地記者誤讀，Google可以找到。)
世衛組織在報告中指出，“SARS-CoV-2 病毒繼續進化。鑑於目前全球範圍內的高水平傳播，包括重組體在內的更多變體可能會繼續出現。重組在冠狀病毒中很常見，被認為是預期的突變事件。”
正當世界各國都有慢慢BA.2取代BA.1的趨勢，XE 於1 月中旬在英格蘭首次被發現，並在英格蘭造成了 600 多例病例（<1% 的病例）。截至 3 月 22 日，在英國已發現 763 例 XE 病例。在印度、中國和泰國也已發現。
好消息是，目前Omicron所有分支，除了二劑疫苗抗感染趨近低效之外，在重症保護都仍然沒有明顯『免疫逃脫』的狀況。世衛組織表示，他們不會給 XE 一個希臘字母名稱，除非有一天發現傳播力和嚴重程度有顯著差異，並且仍將其視為 Omicron。
就像“ Deltacron ”發生的情況一樣，XE 很可能是在有人同時感染了兩種不同的病毒時創建的。我們現在看到越來越多的重組，因為不同的病毒同時傳播（Delta、BA.1、BA.2）加上一個人可以同時感染兩種病毒（就是共同感染的案例，其實在盛行區深入感染免疫力低下者還是容易發生）。
兩個亞係可以同時進入一個人的細胞。然後，當病毒試圖在細胞內復制（以進一步傳播到其他細胞）時，遺傳物質可能會混合而產生不同序列，而有XE（還有XG、XR、Xl，等等）。
XE 將 BA.2 的S蛋白序列複製並粘貼到 BA.1 的 5' 部分。其他不同位置 BA.1 和 BA.2 的混合，這導致了其他亞系名稱，如 XR、XN、XP、XQ 等。病毒學家 Tom Peacock 製作了下面的奇妙圖來展示這種現象。
Omicron繼續突變下去是個好消息嗎？
這場大流行過去兩年，這種病毒並沒有提供任何關於它去向的暗示，為何這麼講？
冠狀病毒通常以階梯狀模式進化，過去流感也是如此。換句話說，以一個主要的血統為軸線，每隔一段時間，就會有一個新的變異，而其他的分支則會滅絕。 如下圖圖Ａ
但我們還沒有在 SARS-CoV-2 中看到這種模式。下一個大變異不是來自上一個：Omicron 不是來自 Delta，Delta 也不是來自 Alpha。相反，SARS-CoV-2 的進化看起來像上圖中的圖 B。這非常令人費解。
但這可能是因為我們沒有給它足夠的時間。僅僅兩年，因為像是普通感冒，若僅有兩年的時間觀察，也常沒有階梯狀的變化。
如果病毒從 Omicron 開始以階梯狀模式進化，那麼它才是從進入真正流感化的階段，成為我們可以預測的季節性疾病，包含預測他的逃脫免疫和傳播力。
如果病毒出現更多“類似流感”（上圖B）的階梯漂移方式，這是一個好消息，原因有兩個：
上一株的免疫牆有一定的效力
我們暫時不會有全面遭受攻擊。這是因為約 50% 的美國人在 10 週內感染了 Omicron。（雖然我們從未見過病毒以這種速度傳播。相比之下，流感過往在 20 週內僅感染了 10–20% 的人群。）大量感染誘導的免疫加上疫苗覆蓋無疑將有助於建立免疫牆。
變異頻率可以抓得到節奏
如果新冠病毒的未來變得更加可預測，那麼我們將能夠預測突變並做好準備，就像我們每年應對流感一樣。
本週在 FDA 就這個話題進行了 8 小時的討論。
病毒正在以驚人的速度變化，但未來 12 個月內不太可能發生重大事件
但是病毒演化學家Trevor Bedford博士在本周向 FDA的介紹中提出了兩大觀點。
首先，他明確表示病毒的變異速度非常快。它的變化速度大約是流感的四倍。在他的下圖中，您可以看到 SARS-CoV-2 圖比其他三個描述流感突變率的圖要陡峭得多。這意味著，與五年的 H3N2（流感病毒）相比，SARS-CoV-2 在短短兩年內完成了相同水平的進化。
再者，雖然我們預計 SARS-CoV-2 會出現“類似流感的漂移”，但近期“類似 Omicron 的事件”或巨大的進化跳躍也可能再次發生。
不幸的是我們在兩年內只有一個數據點（即 Omicron），因此我們的猜測具有高度的不確定性。Bedford博士估計，每 1.5 到 10.5 年就會發生一次“類似 Omicron”的事件。我們不知道這是罕見的事件還是更常見的事件。但是，在接下來的一年裡，Bedford 博士估計有 70% 的可能性我們不會再發生類似 Omicron 的事件。
根據 NIH 的 John Beigal 博士的說法，對於下一個“類似 Omicron 的事件”，實際上只有兩個可能發生：更接近 Beta，或者更接近 Delta。兩者都離 Omicron 很遠，這可能使有針對 Omicron 特定的次世代疫苗不是好的決定。
結論是：Omicron繼續變異可能有好（階梯形）、也有壞（非階梯形，也就是非預期突變），雖然清零已經不可能，但是防止大量傳播也許是減少非預期變化的好方法，這也是台灣正在做的方向。
