BA.4 & 5 變異株，與家庭傳播率數據
什麼? 還有BA.4和BA.5?
首先必須說，最近的南非蠻有事的
因為南非病毒學家 德奧里維拉(Tulio de Oliveira) 近日在推特上寫出
“我們對 BA.4 和 BA.5 的總結”
- 來自離散的宿主，例如人的慢性感染和/或動物宿主
- 比 BA.2 更有增長優勢
- 逃離 BA.1 感染建立的免疫，帶來潛在的新感染浪潮
“先前感染 Omicron BA.1 不足以防止再次感染 BA.4 和 BA.5。 結果表明南非可能會開始新一波 BA.4 & 5 感染”
此結論一出真的嚇死人，不過也提到該兩隻變異株，其實沒有增加南非當地的重症率，所以其實對於 BA.4 & 5 的致病性，或許還是能保持樂觀。
不過我們現在來看看他們發表的原文怎麼說：
南非的第四次 COVID-19 浪潮主要由Omicron的三個譜系（BA.1、BA.2 和 BA.3）推動。 現在又已經確定了兩個新的譜系，BA.4 和 BA.5。
新發現的 BA.4 和 BA.5 與其他 Omicron 譜係不同。 BA.4 和 BA.5 估計分別起源於 2021 年 12 月中旬和 2022 年 1 月上旬。
BA.4 和 BA.5 已迅速取代 BA.2，從 2022 年 4 月的第一周起，已覆蓋南非超過 50% 的測序病例。 使用多項邏輯回歸模型，對比 BA.2 ，估計 BA.4 和 BA.5 每天的增長優勢分別為 0.08（95% CI：0.07–0.09）和 0.12（95% CI：0.09–0.15）。 在南非人口最多的兩個省份，豪登省和誇祖魯-納塔爾省，BA.4 和 BA.5 已迅速取代 BA.2．
對比 2022 年 2 月 BA.2 相對於 BA.1 的估計每日增長優勢 0.07（95% CI：0.07–0.08）。
BA.4 和 BA.5 的S蛋白是相同的，並且與 BA.2 相當，只是在 Q493 處添加了 69–70缺失、L452R、F486V 和野生型氨基酸。所以在實驗室，這69–70缺失還是可以用S 基因靶標失敗（SGTF）的方式去做辨識，維持變異株既有的快速辨識方式。452 殘基緊鄰 hACE2 受體的相互作用界面。 L452R 突變與受體結合的親和力增加有關，從而導致感染性增加。
BA.4 和 BA.5 可能通過重組事件相關，在 E 和 M 基因之間具有斷點，然後再出現在普通人群中。
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儘管BA.1 被 BA.2 取代與南非第四波的延長有關，但在與病例、住院或死亡人數無顯著回升。 然而，這種模式在世界範圍內並不一致，在一些國家，BA.2 是 Omicron wave 中更大比例的病例、住院和死亡的原因。
據估計，幾乎所有南非人口都對 SARS-CoV-2 具有一定程度的免疫力，這是由疫苗接種和先前感染野生型、Beta、Delta 和 Omicron（尤其是 BA.1）提供的。
鑑於從 Omicron 波開始大約四個月後傳播優勢變得明顯，因此從 BA.1 感染獲得的免疫力對 BA.4 & 5 是有減弱。在抗體的中和數據也有所支持（如上圖）
這似乎與南非感染的死灰復燃有關。 這再次強調了持續進行全球基因組監測和實時變異分析以表徵 SARS-CoV-2 持續進化的重要性。
簡短心得：
應該還要再看後續的重症和死亡數據，希望不要有意外的發現就好
不過就這樣來看，一如Omicron不是來自Delta，Delta不是來自Alpha，BA.4 & 5 也不是來自於 BA.2，病毒變異都真的還不算穩定喔。
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變異株家庭傳播速率趨勢
不過我們還是來讀對我們更重要的，啟動大量居家隔離後，病毒對同住非確診家人的感染率（以二次攻擊率呈現，Secondary Attack Rate，SAR）
COVID-19 家庭傳播速率，是否與病毒變異體、和疫苗接種增加有關？
在這項對 36 個國家的 135 項研究、超過 130 萬參與者的系統回顧分析中，家庭二次攻擊率隨著時間的推移而增加， Omicron (42.7%)、Alpha (36.4%) 和 Delta (29.7%) ，比原始株的估計值 (18.9%)都更高。
過去原始株的SAR為15.5%（95% CI，13.2% 至 18.2%）
後續變異株 SAR 更高，平均37.3%（95% CI，32.7% 至 42.1%）
Omicron（7 項研究）的家庭 SAR 為 42.7%（95% CI，35.4% 至 50.4%）
Alpha（11 項研究）為 36.4%（95% CI，33.4% 至 39.5%），
Delta（16 項研究）為 29.7%（95% CI， 為 23.0% 至 37.3%），
Beta（3 項研究）為 22.5%（95% CI，18.6% 至 26.8%）。
結果發現，與未接種疫苗的病例相比，完全接種疫苗的病例中突破性感染家人的傳染性有降低的證據，儘管 Delta ( VE I,p = 21.9%) 和 Omicron (18.2%) 的保護水平低於 Alpha (75.3%) .
SAR可用於針對家庭接觸、疫苗接種狀態（未接種疫苗、部分接種疫苗、完全接種疫苗、加強疫苗接種等）來評估疫苗效果。可以推算出下列：
被傳染者的易感性保護力 ( VE S,p )、
傳染者的傳染性保護力 ( VE I,p )、
和總體有效性 ( VE T,p ) 來估計家戶疫苗保護力。
transmission probability for susceptibility to infection (VES,p), infectiousness given infection (VEI,p), and total vaccine effectiveness (VET,p).
對於完全二劑疫苗接種，
被傳染者的易感性保護力 ( VE S,p )
Alpha 為 78.6%（95% CI，76.0% 至 80.9%），
Delta 為 56.4%（95% CI，54.6% 至 58.1%），
Omicron 為 18.1%（95% CI，18.3% 至 43.3%）；
傳染者的傳染性保護力 ( VE I,p )
Alpha 為 75.3%（95% CI，69.9% 至 79.8%），
Delta 為 21.9%（95% CI，11.0% 至 31.5%），
Omicron 為 18.2%（95% CI，0.6% 至 32.6%）；
總體有效性 ( VE T,p )
Alpha 為 94.7%（95% CI，93.3% 至 95.8%），
Delta 為 64.4%（95% CI，58.0% 至 69.8%），
Omicron 為 35.8%（95% CI，13.0% 至 52.6 %) 。
發現，與未接種疫苗的病例相比，完全接種疫苗的病例中突破性傳染給家人的可能降低的證據，儘管賦予 Delta ( VE I,p = 21.9%) 和 Omicron (18.2%) 的保護水平低於 Alpha (75.3%) .
這些結果表明，變異株會不對增加傳播力。全面接種疫苗與降低易感性和傳染性有關，但 Delta 和 Omicron 之後效果不斷降低。估計疫苗有效性的變化，突顯了繼續開發更有效的疫苗的需要。
心得：這就是新興傳染病的威力，人類好像神話故事追著太陽一般，處置都追在病毒的變異後面，一直沒有結束，新的會一直來。
但是後續方向，為防止更多家庭傳染，或是社會考慮縮短或解除隔離帶來的傳染，可能還需要大眾三劑之後的SAR數據，以及長者接受第四劑或季節性接種的數據。
